गाणपत्य संप्रदायाच्या धारणेनुसार महान गाणपत्य श्री मुद्‍गल आचार्य कलियुगामध्ये श्री गणेशयोगींद्राचार्य रूपात अवतीर्ण झाले. गुजरात येथील अंबी नावाच्या गावचे श्री मयुरेश्वर शास्त्री आणि देवी सुशीला यांनी अपत्यप्राप्तीसाठी भगवान श्री मयुरेश्वराचे दिव्य तपाचरण केले. त्याच्या फलस्वरूप प्रत्यक्ष भगवान स्वानंदनाथांच्या कृपेने श्रावण शुद्ध पंचमी इ.स. १५७७ या अतिमंगल दिनी भगवान श्री गणेशयोगींद्राचार्य महाराज अवतीर्ण झाले. मुद्गल पुराण भाष्य, ब्रह्मणस्पतिसूक्त भाष्य, श्री गणेशगीतेवर योगेश्वरी नावाची महान टीका, श्री गणेश विजय अशा अलौकिक ग्रंथांच्या द्वारे आधुनिक काळात गाणपत्य संप्रदायाची तत्वज्ञान स्वरूपाची बैठक भरभक्कम करण्याचे महान कार्य करणारी विभूती म्हणजे श्री गणेशयोगींद्राचार्य महाराज. नित्य यात्रा आणि द्वार यात्रा रूपात जी स्थाने ओळखली जातात त्या सर्व स्थानांची निश्चिती करून तेथे आरंभीच्या मूर्तींची स्थापना करण्याचे महानतम कार्य श्री गणेशयोगींद्राचार्य महाराजांनी संपन्न केले.

श्री गणेश योगींद्राचार्य महाराजांना सातत्याने श्रीमुद्गलपुराणाची आस लागून राहिली होती. त्या दिव्य तम ग्रंथाचे केवळ नाव ऐकलेले होते. प्रत्यक्ष उपलब्धी कुठेच नव्हती. प्राप्तीसाठी सातत्याने भगवान श्री मयुरेश्वराची करुणा भाकली. एके दिवशी कोणीतरी एक अनोळखी ब्राह्मण श्री मोरगाव क्षेत्री आले. तेथील ओवरीत सामान ठेवून स्नान, पूजा झाल्यानंतर त्यांनी एका ग्रंथाचे वाचन सुरू केले. दिव्य भावार्थाने भरलेला, तो पूर्वी कधीच न ऐकलेला ग्रंथ ऐकताच श्री महाराजांच्या अंगावर रोमांच आले. त्यांचे वाचन संपल्यावर चौकशी केली आणि कळले की हे मुद्गल पुराण आहे. श्रीमहाराज त्या आनंदात नाचू लागले. त्या भूदेवांना विनंती करण्यात आली की, “कृपया आपण मला हा ग्रंथ द्यावा मी त्याची प्रतीलीपी करून घेईन.”  त्या भूदेवांनी प्रथम खंड प्रदान केला. श्रीमहाराजांनी अखंड लिखाण सुरू केले. पहिला खंड संपला की दुसरा मग तिसरा असे करत-करत नऊ खंड प्राप्त झाले. श्रीमुद्गलपुराण मिळत आहे या आनंदात श्रीमहाराज सर्व काही विसरले. हे ब्राह्मण कोण? येतात कुठून? राहतात कुठे ? नेमका आपला एक खंड संपला की पुढचा खंड घेऊन येतात कसे ? यापैकी कोणताही प्रश्न त्यांच्या डोक्यात संपूर्ण लिखाण होईपर्यंत आलाच नाही. आता मात्र या प्रश्नांनी श्रीमहाराज व्यथित झाले. तेवढ्यात ते भूदेव आले आणि महाराजांनी काही प्रश्न विचारायच्या आत आपला ग्रंथ उचलून चालू लागले. श्रीमहाराज त्यांच्या मागे धावले पण तोपर्यंत श्री मयुरेश्वराच्या गाभाऱ्यात गेलेले ते भूदेव पाहता-पाहता श्रीमूर्तीत विलीन झाले. प्रत्यक्ष श्रीमयुरेश्वरांनी सलग नऊ वेळा दर्शन देत मुद्गल पुराणाचे नऊ खंड आणून दिले हाच श्री गणेशयोगींद्राचार्य महाराजांचा दिव्य अधिकार! याच स्थानी श्री महाराजांनी नंतर मुद्गलपुराणावर भाष्य लिहिले.

माघ वद्य दशमी इ.स. १८०५ रोजी आपले अवतार कार्य संपवून श्री महाराजांची प्राणज्योत श्री मयुरेश्वरात विलीन झाली. त्यानंतर त्यांची समाधी उभारण्यात आली. श्री गणेश योगींद्राचार्य महाराजांचे स्थान समस्त भक्तांच्या हृदयात श्री मयूरेश्वरा इतकेच श्रेष्ठ आहे. या आदराचे प्रतीक म्हणून श्री महाराजांच्या समाधीसमोर श्री मोरया समोर असतो तसा मूषकराज स्थापन केलेला आहे.